按照“上海三农发展需要什么专业，就建设发展什么专业”的专业建设总体思路，在农业生产、农业服务、农业经营、农村管理、农业执法等五大领域，实施新一轮专业优化布局调整工作（见下表），构建与上海“三农”发展需求相适应的专业结构体系。
表：学院中长期涉农专业结构优化布局调整工作路线图
| 专业领域 | 人才培养方向 |
| 农业生产领域 | 重点培养和培训种植、养殖、农产品加工等生产类人才 |
| 农业服务领域 | 重点培养和培训植物保护、动物卫生防疫、农技（良种）推广、农产品安全检测认证以及农业机械、装备、信息、气象、水利、金融等服务类人才 |
| 农业经营领域 | 重点培养和培训农产品市场营销、农村经济发展以及农业专业合作社等新型农业经济组织（业态）的经营类人才 |
| 农村管理领域 | 重点培养和培训农村基层政权建设、组织建设、村民公共事务等管理类人才 |
| 农业执法领域 | 重点培养和培训动物卫生监督、渔政监督、林政监督、农机安全监督以及饲料、种子、农业生态环境监督等执法类人才 |
以“学校育人与三农需求一体化”为原则，优化专业结构，构建了与上海“三农”发展需求相适应的专业结构体系，形成具有农林特色的“种植类、养殖类、农业经济类、农业工程类”专业群格局，通过上海市特色校建设项目，重点建设以园艺技术、园林技术、动物医学、生物技术及应用专业为代表的农林特色专业群，加快农业经济管理、农业信息技术应用专业的建设。学院现有20个专业中有16个农业专业和专业方向，涉农专业比例为80%，与特色校建设前的2011年相比，涉农专业比例增加了42%。在优化专业结构的同时，注重加强专业内涵建设的质量，建设国家林业局重点专业、中央财政支持建设专业各1个，获上海市一流专业项目、双证融通专业项目和产教研协同基地建设项目各1个。